Yeditepe Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 14.07.2025 tarih ve 32956 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 13.07.2025 tarihli ve 10073 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile kurulmuştur. Lisansüstü eğitim, öncesinde Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü, Avrupa Çalışmaları Enstitüsü, Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü olmak üzere altı enstitü ile yürütülmüştür. Sonrasında altı enstitü kapatılmış ve mevcut programlar yeni kurulan enstitüye aktarılmıştır. Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bünyesindeki 86 anabilim/anasanat dalı ile örgün ve uzaktan eğitim yoluyla toplamda 137 programda lisansüstü öğrenci yetiştirmeye devam etmektedir.